Это море соседствует на западе с Тиморским морем и во многом схоже с ним, благодаря шельфовому соседству и одинаковым климатическим условиям. Их иногда даже называют морями-близнецами.
Свое название море получило под названием аборигенов Моуккских островов – альфуры, что означает жители лесов. Индонезийцы называют это море Алфур.
Акватория моря расположилась между северным побережьем Австралии, Новой Гвинеей, островами Танимбар и Кай. Граница с Тиморским морем условна и проходит по линии от мыса Дон на севере Австралии до о. Селару. Площадь моря 1 037 тыс. кв. км, средняя глубина менее 100 м, большая часть акватории моря мелководная, не глубже 50-80 м. Максимальная глубина – 3 680 м (впадина Ару на севере моря).
Дно Арафурского моря песчаное, местами с известковым илом. В глубоководной части покрыты илистыми отложениями и красными глинами. Во многих местах шельфовой зоны встречаются мели, банки, многочисленные коралловые сооружения.
Развитие подводной флоры и фауны здесь происходило по тому же сценарию, что и в море Тимор. Здесь обитают такие же животные и совершенно подобная водная растительность. Флора моря, как и во всех теплых морях, развита слабее, чем в умеренном и умеренно холодном поясе. Тем не менее, водоросли встречаются во многих местах прибрежной зоны, мелей, коралловых сооружений.
Здесь велика разная донная живность, представленная кишечнополостными организмами, моллюсками, иглокожими, ракообразными, донными рыбами и другими водными существами. Можно встретить почти 300 видов разных рыб, начиная от рыбной мелочи и донных рыб, и до пелагических видов, обитающих вдали от береговой зоны.
Обитают здесь и очень опасные для человека виды животных. Некоторые опасны своими жалкими клетками и ядами (кубомедузы, сифонофора физалия, синекольчатый осьминог, некоторые виды коралловых полипов, ядовитые моллюски конусы и др.). Есть животные, которые могут нанести физические раны и увечья (различные виды хвостоколов, акулы, барракуды и т.д.)
Еще более опасна встреча с крохотной медузой и куранджи. Эта маленькая (меньше теннисного мячика) медуза практически не видна в толще прозрачной воды. Ко всему прочему, она способна самостоятельно передвигаться в выбранном направлении со скоростью до 4 км/ч, что отличает ее от физалии, передвигающейся по воле волн и течений. Ожог медузы и куранджи очень болезнен и смертельно опасен, поскольку, кроме боли, вызывает расстройства многих органов и систем человеческого организма.
